Điều thứ chín trong Hiến pháp Malaysia viết rằng chính phủ liên bang Malaysia là thể chế duy nhất chịu trách nhiệm về chính sách đối ngoại và quân sự trong nước.[124] Trước khi thành lập Malaysia, an ninh của Bắc Borneo là trách nhiệm của Anh Quốc, Úc và New Zealand.[125] Trước sự trỗi dậy mối đe dọa "sáp nhập" từ Philippines sau khi Tổng thống Ferdinand Marcos ký một dự luật liệt Sabah thành bộ phận của nước Cộng hòa Philippines trong đường cơ sở hàng hải của nước này vào ngày 18 tháng 9 năm 1968,[126] người Anh phản ứng vào ngày sau đó bằng cách phái oanh tạc cơ chiến đấu Hawker Hunter của họ đến Kota Kinabalu với các máy bay dừng chân tại Căn cứ Không quân Clark không xa thủ đô Manila.[127] Sĩ quan Anh Michael Carver nhắc nhở Philippines rằng Anh Quốc tôn trọng nghĩa vụ của mình theo Hiệp ước Phòng thủ Anh-Malaya (AMDA) nếu giao tranh bùng phát.[127] Ngoài ra, một đội tàu chiến lớn của Anh cũng đi đến vùng biển của Philippines nằm gần Sabah trên hành trình từ Singapore cùng với sự tham gia của các nước ANZUS.[127] Hiệp ước AMDA bị thay thế bằng các Hiệp ước Phòng thủ Ngũ cường (FPDA) song hiệp ước hiện tại không liệt các bang Đông Malaysia là ưu tiên chính, can thiệp bảo vệ an ninh của Anh có thể vẫn bao gồm hai bang này.[126][128]

Khu vực miền đông Sabah đối diện với miền nam Philippines và miền bắc Indonesia được đặt dưới Bộ Tư lệnh An ninh Đông Sabah (ESSCOM) và Khu vực An ninh Đông Sabah (ESSZONE) sau khi xảy ra các cuộc xâm nhập của dân quân, di dân bất hợp pháp và buôn lậu hàng hóa và các mặt hàng trợ giá.[129][130]

Tranh chấp lãnh thổ

Sabah có một số tranh chấp lãnh thổ với các quốc gia láng giềng Indonesia và Philippines. Năm 2002, Malaysia và Indonesia đệ trình lên ICJ về vấn đề tranh chấp lãnh thổ đối với các đảo Ligitan và Sipadan với kết quả thắng lợi của Malaysia.[61][108] Ngoài ra còn có các tranh chấp khác chưa được giải quyết với Indonesia về yêu sách chồng lấn tại thềm lục địa Ambalat trên Biển Celebes và tranh chấp biên giới trên bộ giữa Sabah và Bắc Kalimantan.[131] Yêu sách của Malaysia đối với một phần Quần đảo Trường Sa dựa trên việc chúng chia sẻ một thềm lục địa với Sabah.[132]

Philippines có yêu sách lãnh thổ đối với phần lớn phần phía đông của Sabah.[46][62] Yêu sách lãnh thổ này được liên hệ với Vương quốc Sulu và rằng nó chỉ cho Công ty Đặc hứa Bắc Borneo thuê vào năm 1878 còn chủ quyền của vương quốc chưa từng bị từ bỏ.[100] Tuy nhiên, Malaysia nhìn nhận là không có tranh chấp, do họ giải thích hiệp ước năm 1878 là cắt nhượng và cho rằng cư dân Sabah đã thi hành quyền tự quyết của họ khi tham gia hình thành liên bang Malaysia vào năm 1963.[133] Yêu sách của Philippines dựa trên ba sự kiện lịch sử, như Nội chiến Brunei từ năm 1660 đến năm 1673, hiệp định giữa Đông Ấn Hà Lan và Vương quốc Bulungan năm 1850 và hiệp định giữa Sultan Jamal ul-Azam với Overbeck năm 1878.[62][134]

Các nỗ lực tiếp theo của một số chính trị gia Philippines như Ferdinand Marcos nhằm "gây bất ổn" Sabah tỏ ra vô ích và dẫ đến thảm sát Jabidah tại đảo Corregidor của Philippines.[127][135] Kết quả là chính phủ Malaysia từng ủng hộ nổi loạn tại miền nam Philippines.[13][136] Mặc dù Philippines không theo đuổi tích cực yêu sách đối với Sabah trong một số năm, song một số chính trị gia Philippines cam kết đặt vấn đề trở lại,[137][138][139] trong khi chính phủ Malaysia yêu cầu Philippines không đe dọa quan hệ về các vấn đề như vậy.[140] Cảnh sát Hoàng gia Malaysia và Phó Thủ tướng Malaysia đề xuất cấm chỉ trao đổi hàng hóa giữa Malaysia và Philippines do nó chỉ có ích cho một phía và đe dọa an ninh của bang.[141][142] Điều này được thi hành dù vấp phải nhiều phản đối từ cư dân Philippines trên các đảo nằm sát Sabah do làm tăng chi phí sinh hoạt tại khu vực của họ, các chính đảng đối lập tại Malaysia cũng phản đối lệnh cấm, trong khi đó các cư dân và chính trị gia Sabah hoan nghênh tích cực.[143]